县境行政区划，明万历以前无考。明万历元年后，全县设宜良、浔江、万石、丹阳4镇及3甲8里，在少数民族聚居的诸营峒内，还设有土舍，由民众推举6名土舍长官管理，官府配给每人一把刀，称“六刀酋长”。清朝时期，全县下辖镇、冬、甲、峒等行政区划。乾隆四十三年（1778年）于古宜增设县衙门分署。民国前期全县划为甲、乙、丙、丁4个区，区下设48团。民国24年（1935年）后实行村甲制，设浔江、平江、溶江、丹阳4区，区下设32乡308村街（后改为287村街）2839甲。三江县人民政府成立后，全县划分为浔江、丹阳、林江、孟江、溶江、田寨6个区，各区设区人民政府，下设33个乡。1951年4月，调整为以数字为代号的9个区，下设34个乡。1952年12月，实行民族区域自治后，全县划为8个区137个小乡。1953年10月，调整为10个区122个小乡。1955年9月，区人民政府改为区公所，作为县人民委员会的派出机构，小乡调整为128个。1956年12月，调整为以地名冠区名的10个区公所115个小乡。1958年8月，实行人民公社化，10个区公所改为10个乡，以乡组成人民公社，小乡改为生产大队。同时宣布成立三江侗族自治县人民公社联合社。县联合社实际只是个虚名，并没有正式的机构和人员，2个月后即取消。1959年4月，调整为20个人民公社。1960年2月，增设城关公社（1961年3月撤销），勇伟公社迁至高安，改称高安公社。1961年6月，增设光辉、和平、晒江、匡里、高明5个公社，高安公社并入富禄公社，古宜镇、富禄镇升格为区级镇，全县共24个公社2个镇。公社下设302个大队、2354个生产队。1962年8月，恢复区乡建制，24个公社2个镇调整为11个区公所1个镇（即古宜镇，富禄镇并入富禄区）118个小乡，再以小乡设公社，即118个公社。同时撤销大队建制，设2692个生产队。1963年8月，古宜镇并入古宜区。1966年8月，又将11个区公所改为人民公社管理委员会，全县设11个公社，小公社改为生产大队。1968年4月至7月，11个公社先后成立革命委员会。1980年4月，恢复古宜镇，全县设1个镇11个公社。1984年8月30日，实行政社分设，公社改为乡，全县11个公社1个镇调整为15个乡镇，其中镇1个、民族乡3个。分别为古宜镇、周坪乡（由古宜公社改称）、丹洲乡、斗江乡、高基瑶族乡、程村乡、老堡乡、林溪乡、八江乡、独峒乡、同乐苗族乡（由同乐公社改称）、良口乡、洋溪乡（由勇伟公社改称）、富禄苗族乡（由富禄公社改称）、梅林乡。同时，将生产大队和街道大队改为村（居）民委员会，全县设村（居）民委员会193个（其中居民委员会7个），下设村民小组或居民小组。1987年7月，将193个村（居）民委会改为166个村（街）公所（其中街公所4个），属乡镇派出机构。将村（居）民委员会改设在自然屯，全县设村（居）民委员会567个（其中居民委员会15个）。1987年9月，划出丹洲乡的和平、板六、六溪、青江4个村和斗江乡的大寨、板廖、三湘等寨增设和平乡。1995年9月，丹洲乡撤乡改镇。1997年8月，斗江乡撤乡改镇。2002年8月，广西整体推进城市社区建设后，三江开始在城镇街道成立社区居民委员会。其中古宜镇街道居民委员会改为古宜镇社区居民委员会、丹州镇板江村民委员会改为丹州镇板江社区居民委员会、斗江镇斗江村民委员会改为斗江镇斗江社区居民委员会。2005年7月，周坪乡并入古宜镇。2015年3月，八江乡、林溪乡撤乡改镇。2017年1月，独峒乡撤乡改镇。至2022年，全县下辖15个乡镇，其中镇6个、乡6个、民族乡3个，下辖170个村（社区）。