三江县境秦时位于象郡与桂林郡交界地带。两汉至魏晋属潭中县地，其间两汉属交趾（交州）刺使部郁林郡，三国吴凤凰三年（274年）前属吴国郁林郡，吴凤凰三年后至魏晋属桂林郡。南北朝属齐熙郡。隋朝先后属融州、始安郡义熙县地。唐及五代属融州融水县。宋至和中（1054—1055年）置王口砦（今老堡）。此为县境最早见之记载者。宋设县之前，今县境部分地方属融州融水郡之临溪、文村、浔江、融江四堡寨，部分地方属古州蛮地。北宋崇宁四年（1105）三月于融水郡王口砦置怀远军，同年八月改为平州，并置怀远县，此为三江设县之始，县治设在今老堡口一带。政和元年（1111年），州县俱废。宣和初复置州，宣和二年（1120年）赐怀远郡，州并。绍兴四年（1134年）又废，绍兴十四年（1144年）复置县，至元朝，属融州。明洪武十年（1377年）又废县，置三江镇巡检司。洪武十三年（1380年）十一月复置怀远县，隶属柳州府。明万历十九年（1591年），县治由老堡迁至丹阳镇（今丹洲村）。清照旧。民国2年（1913年）6月，怀远县隶属柳江道。民国3年（1914年）改名为三江县。民国21年（1932年），县治由丹洲迁至古宜，隶属柳州民团区。民国23年（1934年）3月，三江县属柳州行政监督局。民国29年（1940年）4月，三江县属广西第四行政督察区。民国31年（1942年）3月，三江县属广西第二行政督察区。1949年10月，三江县属广西第十五行政督察区。

1949年11月18日，中国人民解放军四野第十三兵团三十九军一一五师攻占三江县城古宜，三江宣告解放。12月18日成立三江县人民政府，隶属柳州行政区专员公署。1950年5月，三江县治由古宜迁至丹洲，1951年4月又复迁古宜。1952年12月3日，实行民族区域自治政策，成立三江侗族自治区（县级），成为全国最早成立的县级侗族自治地方政权，隶属桂西壮族自治区（州）宜山专署（地区）。1955年9月17日改名三江侗族自治县，1958年7月19日改属柳州专署。1968年8月，柳州专区革命委员会成立后，三江属柳州专区。1971年11月“专区”易名“地区”，三江属柳州地区。2002年9月29日，国务院批复同意撤销柳州地区，成立地级来宾市，三江划归柳州市管辖。

注：《三江侗族自治县志》（1992年版）大事记第7页记载，民国3年（1914年）广西壮族自治区府下文怀远县改名为三江县，文曰：“广西怀远县明万历十九年复置，迄今仍之，与安徽、陕西两省重复。设置在安徽怀远之后，应酌改。查该县于洪武十年置三江镇巡检司，十四年置县，旋又为诸瑶所陷，万历十九年复置，拟定名为三江县”。该志脚注已就省府文件中关于广西怀远县“明万历十九年复置”的错误作了说明，即明隆庆六年（1572年）“马希武事件”后，朝廷并未撤销怀远县建制，道、府当局仍继续任命知县，只是不敢到旧治办公，寓居融县长安镇。明万历十九年（1591年）知县苏朝阳才将县治移至丹阳镇（丹洲），始建新县城。经查《中国古今地名大辞典》及安徽省怀远县、陕西省横山区相关资料，安徽的怀远县始建于元至元二十八年（1291年），陕西怀远县（今横山区）始建于清雍正九年（1731年），都设置在广西怀远县之后，只是广西怀远县曾于明朝洪武年间短暂撤销过几年，不久复置。陕西怀远县也于民国3年（1914年）为别于安徽怀远县而改名为横山县。